独立行政法人環境再生保全機構に関する省令
（平成十六年環境省令第十一号）
【制定文】
独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十八条第二項、第三十条第一項及び第二項第七号、第三十一条第一項、第三十二条第一項、第三十三条、第三十四条第一項、第三十七条、第三十八条第一項及び第四項、第四十八条第一項並びに第五十条並びに独立行政法人環境再生保全機構法（平成十五年法律第四十三号）第十条第一項第五号及び第十六条第一項並びに附則第七条第七項並びに独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（平成十二年政令第三百十六号）第五条第二項並びに独立行政法人環境再生保全機構法施行令（平成十五年政令第四百八十九号）第四条の規定に基づき、並びに独立行政法人通則法及び独立行政法人環境再生保全機構法を実施するため、独立行政法人環境再生保全機構に関する省令を次のように定める。
（独立行政法人通則法第八条第三項に規定する重要な財産であって主務省令で定めるもの）
第一条独立行政法人環境再生保全機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する重要な財産であって主務省令で定めるものは、同法第四十六条の二第一項又は第二項の認可の申請の日（各項のただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた同法第三十条第一項の中期計画の認可の申請の日）におけるその帳簿価額（現金又は預金である場合にあっては、同法第四十六条の二第一項又は第三十条第一項の認可の申請の日におけるその額）が五十万円以上の財産（その性質上同法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他環境大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）
第二条機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。この場合において、役員（監事を除く。第一号及び第五項において同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。
一機構の役員及び職員
二その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
４監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。
５監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一監事の監査の方法及びその内容
二機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）
第三条機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人環境再生保全機構法（平成十五年法律第四十三号）及び独立行政法人環境再生保全機構法施行令（平成十五年政令第四百八十九号）の規定に基づき農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣に提出する書類とする。
（業務方法書の記載事項）
第四条機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一独立行政法人環境再生保全機構法（以下「機構法」という。）第十条第一項第一号に規定する公害に係る健康被害の補償に関する事項
二機構法第十条第一項第二号に規定する大気の汚染の影響による健康被害の予防に関する事項
三機構法第十条第一項第三号に規定する助成金の交付に関する事項
四機構法第十条第一項第四号に規定する調査研究、情報の収集、整理及び提供並びに研修に関する事項
五機構法第十条第一項第五号に規定する助成金の交付に関する事項
六機構法第十条第一項第六号に規定する維持管理積立金の管理に関する事項
七機構法第十条第一項第七号に規定する石綿による健康被害の救済に関する事項
八機構法第十条第一項第八号に規定する研究及び技術開発に関する事項
九機構法第十条第一項第九号に規定する成果の普及及びその活用の促進に関する事項
十機構法第十条第一項第十号に規定する助成金の交付に関する事項
十一機構法第十条第一項第十一号に規定する情報の整理、分析及び提供に関する事項
十二機構法第十条第一項第十二号に規定する情報の収集、整理、分析及び提供並びに研修に関する事項
十三機構法第十条第一項第十三号に規定する情報の収集、整理、分析及び提供並びに地域における生物の多様性の増進のための活動の促進等に関する法律（令和六年法律第十八号。以下「地域生物多様性増進法」という。）第十四条に規定する事務に関する事項
十四機構法第十条第二項に規定する調査研究、情報の収集、整理及び提供並びに研修に関する事項
十五業務委託の基準
十六競争入札その他契約に関する基本的事項
十七その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中期計画の認可の申請）
第五条機構は、通則法第三十条第一項の規定により中期計画の認可を受けようとするときは、中期計画を記載した申請書を、当該中期計画の最初の事業年度開始三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中期計画については、機構の成立後遅滞なく）、農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣に提出しなければならない。
２機構は、通則法第三十条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を環境大臣（当該変更が機構法第十条第一項第三号及び第四号に規定する業務並びにこれらに附帯する業務に係るものである場合には、農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣とし、当該変更が機構法第十条第一項第十三号に規定する業務（地域生物多様性増進法第十四条に規定する事務に限る。）及びこれに附帯する業務に係るものである場合には、農林水産大臣、国土交通大臣及び環境大臣とする。）に提出しなければならない。
（中期計画に定めるべき業務運営に関する事項）
第六条機構に係る通則法第三十条第二項第八号の主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一施設及び設備に関する計画
二職員の人事に関する計画
三積立金の処分に関する事項
四その他当該中期目標を達成するために必要な事項
（年度計画の記載事項等）
第七条機構に係る通則法第三十一条第一項の年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２機構は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を環境大臣（当該変更が機構法第十条第一項第三号及び第四号に規定する業務並びにこれらに附帯する業務に係るものである場合には、農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣とし、当該変更が機構法第十条第一項第十三号に規定する業務（地域生物多様性増進法第十四条に規定する事務に限る。）及びこれに附帯する業務に係るものである場合には、農林水産大臣、国土交通大臣及び環境大臣とする。）に提出しなければならない。
（各事業年度に係る業務の実績に関する評価）
第八条機構は、通則法第三十二条第一項の規定により各事業年度における業務の実績について農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣の評価を受けようとするときは、年度計画に定めた項目ごとにその実績を明らかにした報告書を当該事業年度の終了後三月以内に農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣に提出しなければならない。
（業務実績等報告書）
第九条機構に係る通則法第三十二条第二項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項に記載するものとする。
| 事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書 | 一 当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第二十九条第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中期計画及び年度計画の実施状況ロ 当該事業年度における業務運営の状況ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値ニ 当該事業年度の属する中期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二 当該業務の実績が通則法第二十九条第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況 |
| 中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書 | 一 中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第二十九条第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中期目標及び中期計画の実施状況ロ 当該期間における業務運営の状況ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二 当該業務の実績が通則法第二十九条第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況 |
| 中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書 | 一 中期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第二十九条第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中期目標及び中期計画の実施状況ロ 当該期間における業務運営の状況ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二 当該業務の実績が通則法第二十九条第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況 |
２機構は、前項に規定する報告書を農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（会計の原則）
第十条機構の会計については、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定中央省庁等改革の推進に関する方針に基づいて行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された独立行政法人会計基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（共通的な経費の配賦基準）
第十一条機構は、機構法第十二条及び同法附則第七条第二項の規定により区分して経理する場合において、一の勘定において経理すべき事項が他の勘定において経理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、環境大臣の承認を受けて定める基準に従って、各勘定に配分することにより整理することができる。
（区分経理等）
第十二条機構は、機構法第十二条に規定する勘定として、機構法第十条第一項第一号及び第二号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務に係る経理については公害健康被害補償予防業務勘定を、同項第七号に掲げる業務及びこれに附帯する業務に係る経理については石綿健康被害救済業務勘定を、同項第八号から第十号までに掲げる業務及びこれらに附帯する業務に係る経理については環境保全研究・技術開発勘定を、その他の業務に係る経理については基金勘定を設けなければならない。
２機構は、次の各号に掲げる勘定においては、内訳として、当該各号に定める業務に係る経理単位に区分するものとする。
一公害健康被害補償予防業務勘定
イ機構法第十条第一項第一号に掲げる業務及びこれに附帯する業務
ロ機構法第十条第一項第二号に掲げる業務及びこれに附帯する業務
二基金勘定
イ機構法第十条第一項第三号及び第四号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務
ロ機構法第十条第一項第五号に掲げる業務及びこれに附帯する業務
ハ機構法第十条第一項第六号に掲げる業務及びこれに附帯する業務
ニ機構法第十条第一項第十一号及び第十二号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務
ホ機構法第十条第一項第十三号に掲げる業務及びこれらに附帯する業務
ヘ機構法第十条第二項に掲げる業務
（納付財源引当金）
第十三条機構は、毎事業年度に発生した次に掲げる金額の合計額から機構法第十条第一項第一号の業務及びその業務に係る事務の処理に要した金額の合計額（通則法第四十六条に基づき機構に交付された金額のうち機構法第十条第一項第一号の業務に係る事務の処理に充てられた部分を除く。）を控除した金額を、納付財源引当金として整理しなければならない。
一公害健康被害の補償等に関する法律（以下「補償法」という。）第五十二条第一項及び第六十二条第一項に基づき徴収した賦課金
二補償法第五十一条に基づく補助金
三補償法附則第九条に基づき交付された交付金
四次項の規定に基づき使用した金額及び補償法第四十八条第一項の規定に基づき納付した納付金のうち前事業年度以前の納付金の過払いに係る受入等
２前項の納付財源引当金は、補償法第十一条第二項の規定に基づき翌事業年度に納付することが必要な補償給付に係る補償法第四十八条第一項に規定する納付金の納付その他の機構法第十条第一項第一号に規定する業務の財源に充てる場合に限り、使用するものとする。
（償却資産の指定等）
第十四条環境大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（資産除去債務に対応する除去費用等の指定等）
第十五条環境大臣は、機構が業務のために保有し又は取得しようとする有形固定資産についてその資産除去債務（有形固定資産の取得、建設、開発又は通常の使用によって生じる当該有形固定資産の除去に関する法律上の義務及びこれに準ずるものをいう。）に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）
第十六条機構に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に掲げる行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）
第十七条機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一機構の目的及び業務内容
二国の政策における機構の位置付け及び役割
三中期目標の概要
四理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五中期計画及び年度計画の概要
六持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八業績の適正な評価に資する情報
九業務の成果及び当該業務に要した資源
十予算及び決算の概要
十一財務諸表の要約
十二財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三内部統制の運用状況
十四機構に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）
第十八条機構に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）
第十九条通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一機構の役員（監事を除く。）及び職員
二その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一会計監査人の監査の方法及びその内容
二財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び第四項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ無限定適正意見監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ除外事項を付した限定付適正意見監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、当該財務諸表に係る期間の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ不適正意見監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五追記情報
六前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七会計監査報告を作成した日
４前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一会計方針の変更
二重要な偶発事象
三重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第二十条機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書類を環境大臣に提出しなければならない。
一借入れを必要とする理由
二借入金の額
三借入先
四借入金の利率
五借入金の償還の方法及び期限
六利息の支払いの方法及び期限
七その他必要な事項
（譲渡取引の指定等）
第二十一条環境大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引により生じた収入の額（以下「譲渡収入金額」という。）と当該財産の帳簿価額とが等しくない場合において、その譲渡取引に係る譲渡利益（譲渡収入金額が当該財産の帳簿価額を超える場合におけるその超える部分をいう。）又は譲渡損失（当該財産の帳簿価額が譲渡収入金額を超える場合におけるその超える部分をいう。）を損益計算書に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（金銭信託による余裕金の運用）
第二十二条機構は、通則法第四十七条第三号に規定する金銭信託による余裕金の運用については、当該金銭信託につき元本の補てんの契約が締結される場合に限り、これを行うことができる。
（通則法第四十八条第一項に規定する重要な財産であって主務省令で定めるもの）
第二十三条機構に係る通則法第四十八条第一項に規定する重要な財産であって主務省令で定めるものは、次の各号に掲げるものとする。
一職員宿舎用の土地及び建物
二その他環境大臣が指定する財産
（重要な財産の処分等の認可の申請）
第二十四条機構は、通則法第四十八条第一項の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一処分等に係る財産の具体的内容及び評価額
二処分等の条件
三処分等の方法
四機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る申請の添付書類）
第二十五条独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（平成十二年政令第三百十六号。以下この条において「令」という。）第二十一条第二項に規定する添付書類は、次に掲げるものとする。
一令第二十一条第一項の期間最後の事業年度（以下単に「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二期間最後の事業年度の損益計算書
三期間最後の事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類
四承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（ポリ塩化ビフェニル廃棄物の処理に要する費用の範囲）
第二十六条機構法第十条第一項第五号及び第十六条第一項の環境省令で定める費用の範囲は、次のとおりとする。
一中小企業者（中小企業支援法（昭和三十八年法律第百四十七号）第二条第一項に規定する中小企業者のうち、同項に規定する中小企業者以外の一又は二以上の会社（以下この号において「大企業者」という。）の所有に係る当該中小企業者の株式の数の当該中小企業者の発行済株式の総数に対する割合又は大企業者の当該中小企業者への出資の金額の当該中小企業者の出資の総額に対する割合が二分の一以上である者及びその者との間にその者による完全支配関係（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第一項第十二号の七の六に規定する完全支配関係をいう。以下この号において同じ。）がある者並びに大企業者との間に当該中小企業者又は大企業者による完全支配関係がある者を除いたものをいう。）、常時使用する従業員の数が中小企業支援法第二条第一項第一号から第三号までに定める業種ごとに当該各号に定める従業員の数以下の法人（会社を除く。以下同じ。）（国の機関又は地方公共団体を除く。）であって、当該各号に定める業種に属する事業を主たる事業として営むもの又は常時使用する従業員の数が百人以下の法人が保管するポリ塩化ビフェニル廃棄物の処理に要する費用（第三号から第六号までに掲げる費用を除く。次号において同じ。）
二個人が保管しているポリ塩化ビフェニル廃棄物の処理に要する費用
三ポリ塩化ビフェニル廃棄物の処理に際しての環境の状況の把握のための監視若しくは測定若しくは安全性の評価又は安全性の確保のための研修若しくは研究に係る費用
四ポリ塩化ビフェニル廃棄物の保管に係る費用（ポリ塩化ビフェニル廃棄物の適正な処理の推進に関する特別措置法（平成十三年法律第六十五号。以下「特措法」という。）第二条第二項に規定する高濃度ポリ塩化ビフェニル廃棄物の処理に係るものに限る。）
五廃棄物の処理及び清掃に関する法律（昭和四十五年法律第百三十七号）第十九条の八第一項の規定に基づく生活環境の保全上の支障の除去等の措置（ポリ塩化ビフェニル廃棄物の処理に係るものに限る。）及び特措法第十三条第一項の規定に基づく処分等措置（同法第十二条第一項に規定する処分等措置をいう。）に要する費用
六機構法第十条第一項第五号に規定する環境大臣が指定する者が行う第一号、第二号及び第五号に掲げる事務に要する費用
（他の法令の準用）
第二十七条次の法令の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
一不動産登記規則（平成十七年法務省令第十八号）第四十三条第一項第四号（同令第五十一条第八項、第六十五条第九項、第六十八条第十項及び第七十条第七項において準用する場合を含む。）、第六十三条第三項、第六十四条第一号及び第四号、第百八十二条第二項（これらの規定を船舶登記規則（平成十七年法務省令第二十七号）第四十九条において準用する場合を含む。）並びに附則第十五条第四項第一号及び第三号
二船舶登記規則附則第三条第八項第一号及び第三号
（内部組織）
第二十八条機構に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として主務大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として主務大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第二十九条機構に係る通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして主務大臣が定めるものとする。
附 則（抄）
（施行期日）
第一条この省令は、平成十六年四月一日から施行する。ただし、附則第五条の規定は、公布の日から施行する。
（業務の特例に係る業務方法書の記載事項）
第二条機構法附則第七条第一項の規定により機構が同項各号に掲げる業務を行う場合には、通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、第四条各号に掲げる事項のほか、次のとおりとする。
一機構法附則第七条第一項第一号に規定する都市公園となるべき緑地の設置及び譲渡に関する事項
二機構法附則第七条第一項第二号に規定する債権の管理及び回収に関する事項
三機構法附則第七条第一項第三号に規定する債権の管理及び回収に関する事項
（区分経理の設置に伴う経過措置）
第三条第十二条第一項に定める公害健康被害補償予防業務勘定において、機構法附則第三条第八項の規定により同勘定に属する積立金又は繰越欠損金として整理するものとされた金額があるときは、当該積立金又は繰越欠損金は、同勘定における第十二条第二項第一号イの業務に係る経理単位に属する積立金又は繰越欠損金として整理するものとし、機構法附則第三条第九項の規定により同勘定に属する積立金として整理するものとされた金額があるときは、当該積立金は、同勘定における第十二条第二項第一号ロの業務に係る経理単位に属する積立金として整理するものとする。
（償却資産の承継）
第四条機構の成立の際、機構法附則第三条第一項の規定により機構が承継した償却資産（機構法附則第十八条の規定による改正前の公害健康被害の補償等に関する法律第九十八条の二第二項に規定する基金に係る経理に属するもの及び国庫補助金で取得した金額に相当するものを除く。）については、第十四条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
２機構の成立の際、機構法附則第四条第一項の規定により機構が承継した償却資産のうち無形固定資産については、第十四条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
３機構の成立の際、機構法附則第四条第一項の規定により機構が継承した償却資産のうち機構法附則第七条第一項第一号に掲げる業務で取得したものについては、当該業務が終了した日の翌日以降、第十四条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（承継計画書の認可の申請）
第五条環境事業団は、機構法附則第四条第五項の規定により承継計画書の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一環境事業団の平成十五年四月一日に始まる事業年度末の予定貸借対照表
二前号の予定貸借対照表を機構に承継されるもの及び日本環境安全事業株式会社に承継されるものに区分して経理したもの
三その他当該承継計画書の認可のための審査に当たって必要と認められる書類
（事業実施計画の軽微な変更）
第六条機構法附則第七条第七項の主務省令で定める軽微な変更は、次のとおりとする。
一工事計画に係る事業面積の十パーセント以内の変更
二工事の完了の予定時期の六ヶ月以内の変更
三工事に要する費用の減額（二十パーセント以内のものに限る。）に係る変更
（長期借入金の認可の申請）
第七条機構は、機構法附則第八条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一借入れを必要とする理由
二借入金の額
三借入先
四借入金の利率
五借入金の償還の方法及び期限
六利息の支払の方法及び期限
七その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）
第八条機構は、機構法附則第十四条の規定により長期借入金及び債券の償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十一条第一項の規定による届出後一月以内に次の事項を記載した償還計画書を環境大臣に提出しなければならない。ただし、償還計画を変更する場合には、その都度提出しなければならない。
一長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二環境再生保全機構債券の総額及び当該事業年度における発行見込額並びに発行の方法
三長期借入金、環境事業団債券及び環境再生保全機構債券の償還の方法及び期限
四その他必要な事項
（石綿健康被害救済基金の取崩しの認可の申請）
第九条機構は、機構法附則第二十九条の規定による石綿健康被害救済基金の取崩しの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一取崩しを必要とする理由
二取崩しの額
三その他必要な事項
（拠出金の事業費への充当に関する会計処理）
第十条補償法附則第十条第一項の規定に基づき、環境大臣の認可を受けて、機構法第十四条第一項に規定する大気汚染物質排出施設設置者等から拠出される拠出金の一部を補償法第六十八条に規定する業務に要する費用（以下この条において「事業費」という。）に充てることとした場合には、当該事業費に充てることとした金額に相当する額は、当該認可を受けた時点において、資本剰余金の額から減額して整理するものとし、負債に計上するものとする。
２前項の規定に基づき負債に計上された額については、当該額を充てることとした事業費が発生した時点において、当該発生した事業費に相当する額を収益に振り替えるものとする。
（公害健康被害補償予防協会の業務方法書に記載すべき事項を定める省令等の廃止）
第十三条公害健康被害補償予防協会の業務方法書に記載すべき事項を定める省令（昭和四十九年総理府・通商産業省令第五号）及び公害健康被害補償予防協会の財務及び会計に関する省令（昭和四十九年総理府・通商産業省令第六号）は、廃止する。
附 則（平成一六年一一月三〇日環境省令第二五号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（平成一七年三月四日環境省令第三号）
この省令は、不動産登記法の施行の日（平成十七年三月七日）から施行する。
附 則（平成一八年三月一〇日環境省令第六号）
（施行期日）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（平成二〇年八月四日環境省令第九号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（平成二一年一一月一〇日環境省令第一二号）
この省令は、平成二十一年十一月二十四日から施行する。
附 則（平成二二年七月二七日環境省令第一四号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（平成二二年一一月二六日環境省令第二四号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附 則（平成二六年四月一日環境省令第一二号）
この省令は、平成二十六年四月七日から施行する。
附 則（平成二七年四月一日環境省令第一三号）
（施行期日）
第一条この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条第十七条第三項の規定は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附 則（平成二八年九月三〇日環境省令第二三号）
この省令は、平成二十八年十月一日から施行する。
附 則（平成二九年三月六日環境省令第二号）
この省令は、平成二十九年三月六日から施行する。
附 則（平成三〇年一〇月三〇日環境省令第二一号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（平成三一年三月二七日環境省令第六号）
（施行期日）
第一条この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条この省令による改正後の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
附 則（令和元年七月一八日環境省令第三号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（令和二年三月二四日環境省令第八号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（令和二年九月四日環境省令第二一号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（令和四年三月二日環境省令第三号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（令和六年三月二五日環境省令第一〇号）
この省令は、令和六年四月一日から施行する。
附 則（令和六年一二月一〇日環境省令第三一号）
この省令は、地域における生物の多様性の増進のための活動の促進等に関する法律（令和六年法律第十八号）の施行の日から施行する。ただし、第二十六条の改正規定は、公布の日から施行する。