国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令
（平成十五年経済産業省令第百二十号）
【制定文】
独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法（平成十四年法律第百四十五号）の施行に伴い、並びに独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十八条第二項、第三十条第一項及び第二項第七号、第三十一条第一項、第三十二条第一項、第三十三条、第三十四条第一項、第三十七条、第三十八条第一項及び第四項、第四十八条第一項並びに第五十条並びに独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法施行令（平成十五年政令第三百六十四号）第七条第二項及び第十四条の規定に基づき、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令を次のように定める。
（独立行政法人通則法第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産）
第一条国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項又は第四十六条の三第一項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日。以下この条において同じ。）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他経済産業大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）
第二条機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。この場合において、役員（監事を除く。第一号及び第五項において同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。
一機構の役員及び職員
二機構の子法人（通則法第十九条第七項に規定する子法人をいう。以下同じ。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
４監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事、機構の子法人の監査役その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。
５監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一監事の監査の方法及びその内容
二機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）
第三条機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法（平成十四年法律第百四十五号。以下「機構法」という。）及び国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法施行令（平成十五年政令第三百六十四号。以下「令」という。）の規定に基づき経済産業大臣に提出する書類とする。
（業務方法書の記載事項）
第四条機構が行う業務に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一機構法第十五条第一号に規定する同号イからニまでに掲げる技術の開発に関する事項
二機構法第十五条第二号に規定する鉱工業技術の研究開発に関する事項
三機構法第十五条第三号に規定する鉱工業技術に関する研究開発の助成に関する事項
三の二機構法第十五条第三号の二に規定する鉱工業技術に関する研究開発の成果の企業化に必要な事業活動に要する資金に充てるための補助金の交付に関する事項
四機構法第十五条第四号に規定する同条第一号に掲げる技術の有効性の海外における実証に関する事項
五機構法第十五条第五号に規定する同条第一号ハ及びニに掲げる技術の導入に要する資金に充てるための補助金の交付に関する事項
六機構法第十五条第六号に規定する情報の収集及び提供並びに指導に関する事項
七機構法第十五条第七号に規定する鉱工業技術に係る技術者の養成及び資質の向上を図るための研修に関する事項
八機構法第十五条第八号に規定する技術経営力の強化に関する助言に関する事項
八の二機構法第十五条第八号の二に規定する助言に関する事項
八の三機構法第十五条第八号の三に規定する出資（金銭の出資を除く。）並びに人的及び技術的援助に関する事項
九機構法第十五条第九号に規定する附帯する業務に関する事項
十機構法第十五条第十号に規定する非化石エネルギーの開発及び導入の促進に関する法律（昭和五十五年法律第七十一号）第十一条に規定する業務に関する事項
十一機構法第十五条第十一号に規定する基盤技術研究円滑化法（昭和六十年法律第六十五号）第十一条に規定する業務に関する事項
十二機構法第十五条第十二号に規定する福祉用具の研究開発及び普及の促進に関する法律（平成五年法律第三十八号）第七条に規定する業務に関する事項
十三機構法第十五条第十三号に規定する新エネルギー利用等の促進に関する特別措置法（平成九年法律第三十七号）第十条に規定する業務に関する事項
十四機構法第十五条第十四号に規定する特定高度情報通信技術活用システムの開発供給及び導入の促進に関する法律（令和二年法律第三十七号）第二十九条に規定する業務に関する事項
十五機構法第十五条第十五号に規定する安定供給確保支援業務に関する事項
十六機構法第十五条各号に掲げる業務のうち科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成二十年法律第六十三号）第二十七条の二第一項に規定する特定公募型研究開発業務として行うものに要する費用に充てるための基金に関する事項
十七業務委託の基準
十八競争入札その他契約に関する基本的事項
十九その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の認可の申請）
第五条機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画（以下この条、第七条、第八条及び第九条において単に「中長期計画」という。）の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中長期計画については、機構の成立後遅滞なく）、経済産業大臣に提出しなければならない。
２機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を経済産業大臣に提出しなければならない。
（中長期計画に定める業務運営に関する事項）
第六条機構が行う業務に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一施設及び設備に関する計画
二人事に関する計画（人員及び人件費の効率化に関する目標を含む。）
三中長期目標の期間を超える債務負担
四機構法第十九条第一項に規定する積立金の使途
（業務実績等報告書）
第七条機構に係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。
| 事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書 | 一 当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中長期計画及び当該事業年度に係る年度計画（第八条及び第九条において単に「年度計画」という。）の実施状況ロ 当該事業年度における業務運営の状況ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値ニ 当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二 当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況 |
| 中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書 | 一 中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中長期目標（以下この条において単に「中長期目標」という。）及び中長期計画の実施状況ロ 当該期間における業務運営の状況ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二 当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況 |
| 中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書 | 一 中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中長期目標及び中長期計画の実施状況ロ 当該期間における業務運営の状況ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二 当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況 |
２機構は、前項に規定する報告書を経済産業大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）
第八条機構に係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第二項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。
一通則法第三十五条第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間（以下この条において単に「期間」という。）における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ当該期間における業務運営の状況
ハ当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２機構は、前項に規定する報告書を経済産業大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（年度計画の記載事項等）
第九条機構に係る年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２機構は、通則法第三十五条の八の規定により読み替えて準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を経済産業大臣に提出しなければならない。
（会計の原則）
第十条通則法第三十七条の規定により定める機構の会計は、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（収益の獲得が予定されない償却資産）
第十一条経済産業大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産）
第十一条の二経済産業大臣は、機構が承継するたな卸資産並びに敷金及び保証金について当該たな卸資産並びに敷金及び保証金から生ずる費用に相当する額（次項において「費用相当額」という。）に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その承継までの間に限り、当該たな卸資産並びに敷金及び保証金を指定することができる。
２前項の指定を受けたたな卸資産並びに敷金及び保証金に係る費用相当額については、費用は計上せず、費用相当額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第十二条経済産業大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第十三条経済産業大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（複数の勘定において負担すべき経費の配賦の基準）
第十四条機構は、業務の運営に必要な人件費、事務費、賃借料その他の複数の勘定において負担すべき経費に相当する金額については、当該金額を各勘定において経理する業務に従事する人員の数に応じてあん分した額をそれぞれの勘定に配賦しなければならない。
（財務諸表）
第十五条機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結キャッシュ・フロー計算書、連結剰余金計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）
第十六条機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一機構の目的及び業務内容
二国の政策における機構の位置付け及び役割
三中長期目標の概要
四理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五中長期計画及び年度計画の概要
六持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八業績の適正な評価に資する情報
九業務の成果及び当該業務に要した資源
十予算及び決算の概要
十一財務諸表の要約
十二財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三内部統制の運用状況
十四機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）
第十七条機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類）
第十八条機構に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結キャッシュ・フロー計算書、連結剰余金計算書、連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）
第十九条通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一機構の役員（監事を除く。）及び職員
二機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一会計監査人の監査の方法及びその内容
二財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び第四項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ無限定適正意見監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ除外事項を付した限定付適正意見監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ不適正意見監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五追記情報
六前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七会計監査報告を作成した日
４前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一会計方針の変更
二重要な偶発事象
三重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第二十条機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を経済産業大臣に提出しなければならない。
一借入れを必要とする理由
二借入金の額
三借入先
四借入金の利率
五借入金の償還の方法及び期限
六利息の支払の方法及び期限
七その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）
第二十一条機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として経済産業大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を経済産業大臣に提出しなければならない。
一民間等出資に係る不要財産の内容
二不要財産であると認められる理由
三当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四当該不要財産の取得に係る出資の内容（通則法第四十六条の三に規定する出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合）
五催告の内容
六当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八前号の場合における譲渡の方法
九第七号の場合における譲渡の予定時期
十その他必要な事項
２経済産業大臣は、前項の申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の認可をしたときは、次に掲げる事項を機構に通知するものとする。
一通則法第四十六条の三第一項の規定により、当該不要財産に係る出資額として経済産業大臣が定める額の持分
二通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）
第二十二条機構は、通則法第四十四条第三項の中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として経済産業大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を経済産業大臣に通知しなければならない。
２経済産業大臣は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。
（催告の方法）
第二十三条通則法第四十六条の三第一項に規定する主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一民間等出資に係る不要財産の内容
二通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として主務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三通則法第四十六条の三第一項に規定する払戻しについて、次に掲げる方法のうちいずれの方法によるかの別
イ当該不要財産の払戻しをすること
ロ通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること
四当該払戻しを行う予定時期
五第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が前項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。
（民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）
第二十四条機構は、通則法第四十六条の三第三項の規定により民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を経済産業大臣に提出するものとする。
一当該不要財産の内容
二譲渡によって得られた収入の額
三譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四譲渡した時期
五通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。
３経済産業大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により経済産業大臣が定める基準に従い算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち通則法第四十六条の三第三項の規定により経済産業大臣が定める額の持分を含む。）を機構に通知するものとする。
４機構は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により経済産業大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
（資本金の減少の報告）
第二十五条機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を経済産業大臣に報告するものとする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の範囲）
第二十六条機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物（機構法第十五条第一号、第二号、第四号、第十号（非化石エネルギーの開発及び導入の促進に関する法律第十一条第三号に係る部分に限る。）及び第十一号（基盤技術研究円滑化法第十一条第一号に係る部分に限る。）に掲げる業務の用に供する土地及び建物を除く。）とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第二十七条機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を経済産業大臣に提出しなければならない。
一処分等に係る財産の内容及び評価額
二処分等の条件
三処分等の方法
四機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（金融機関等への業務の委託に係る認可の申請）
第二十八条機構は、機構法第十六条第一項の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した認可申請書を経済産業大臣に提出しなければならない。
一委託しようとする業務の内容
二委託しようとする相手方の名称
三委託することを適当とする理由
四委託契約の期間
五その他必要な事項
（立入検査の身分証明書）
第二十九条機構法第十六条第五項の証明書は、別記様式によるものとする。
（積立金の処分に係る申請の添付書類）
第三十条令第九条第二項に規定する経済産業省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一当該中長期目標の期間の最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表
二当該中長期目標の期間の最後の事業年度の損益計算書
三承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（内部組織）
第三十一条機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として主務大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として主務大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第三十二条機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして主務大臣が定めるものとする。
附 則（抄）
（施行期日）
第一条この省令は、公布の日から施行する。ただし、第十七条及び附則第六条から第八条までの規定は、平成十五年十月一日から施行する。
（業務方法書の記載事項に関する経過措置）
第二条機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、第四条各号に掲げるもののほか、機構が次の各号に掲げる業務を行う場合には、当該各号に掲げる業務に関する事項とする。
一機構法附則第六条第一項に規定する探鉱貸付経過業務
二機構法附則第七条第一項に規定する研究基盤出資経過業務
三機構法附則第九条第四項に規定する鉱工業承継業務
（日本アルコール産業株式会社の成立の時における会計処理）
第二条の二日本アルコール産業株式会社法（平成十七年法律第三十二号）附則第六条第一項の規定により機構が行う株式の引受け、同法附則第七条の規定により機構が行う出資、同法附則第十一条の規定により機構が行う株式の政府への無償譲渡、同法附則第十三条第一項の規定により日本アルコール産業株式会社（以下、「会社」という。）が行う機構の権利及び義務の承継並びに同条第二項の規定による機構の資本金の減少に係る機構の資本取引及び損益取引は、同法附則第九条の規定による会社の成立の時において行われるものとし、当該損益取引は、第八条第三項の規定に基づき、機構の損益計算には含まれないものとする。
（償却資産の承継）
第三条機構の成立の際機構法附則第二条第一項の規定により機構が新エネルギー・産業技術総合開発機構から承継した償却資産のうち、機構法第十七条第一号、第二号及び第五号に掲げる業務に係る勘定に属するものであって、新エネルギー・産業技術総合開発機構が補助金及び交付金以外の資金を原資として取得したものについては、第十一条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
附 則（平成一七年三月四日経済産業省令第一四号）
この省令は、不動産登記法の施行の日（平成十七年三月七日）から施行する。
附 則（平成一八年三月三一日経済産業省令第二五号）
この省令は、平成十八年四月一日から施行する。
附 則（平成一八年七月一四日経済産業省令第七九号）
この省令は、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法及び石油及びエネルギー需給構造高度化対策特別会計法の一部を改正する法律の施行の日（平成十八年七月二十日）から施行する。
附 則（平成一九年八月三日経済産業省令第五〇号）
この省令は、産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日（平成十九年八月六日）から施行する。
附 則（平成二〇年三月三一日経済産業省令第二七号）
この省令は、平成二十年四月一日から施行する。
附 則（平成二一年七月一日経済産業省令第三八号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（平成二二年一一月二六日経済産業省令第五九号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附 則（平成二三年六月二二日経済産業省令第三一号）
この省令は、平成二十三年六月二十二日から施行する。
附 則（平成二三年七月七日経済産業省令第四一号）
この省令は、石油代替エネルギーの開発及び導入の促進に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十三年七月七日）から施行する。
附 則（平成二四年九月一四日経済産業省令第六七号）
この省令は、災害時における石油の供給不足への対処等のための石油の備蓄の確保等に関する法律等の一部を改正する法律附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（平成二十四年九月十五日）から施行する。ただし、第一条（独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令附則の改正規定に限る。）、第三条から第五条まで及び第六条（独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令附則の改正規定に限る。）の規定は、平成二十五年四月一日から施行する。
附 則（平成二五年五月三一日経済産業省令第二九号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（平成二六年三月一〇日経済産業省令第一〇号）
この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律及び大学の教員等の任期に関する法律の一部を改正する法律附則第一条ただし書に掲げる規定の施行の日（平成二十六年四月一日）から施行する。
附 則（平成二七年三月三一日経済産業省令第二四号）
（施行期日）
第一条この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号。以下「改正法」という。）及び独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書に係る経過措置）
第二条改正法附則第八条第一項の規定により旧中期目標が新中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（平成十五年経済産業省令第百二十号。次条において「新省令」という。）第七条の規定の適用については、同条の表中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から第五号」と読み替えるものとする。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条新省令第十七条第三項の規定は、改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附 則（平成二八年三月三一日経済産業省令第六〇号）
この省令は、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法の一部を改正する法律の施行の日から施行する。
附 則（平成三一年一月一七日経済産業省令第六号）
この省令は、平成三十一年一月十七日から施行する。
附 則（平成三一年三月二九日経済産業省令第二三号）
（施行期日）
第一条この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産に係る特例）
第二条国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法（平成十四年法律第百四十五号）附則第二条第一項の規定により機構が承継したたな卸資産並びに敷金及び保証金（当該たな卸資産並びに敷金及び保証金から生ずる費用に相当する額に対応すべき収益の獲得がなかったものに限る。）については、この省令による改正後の国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（次条において「新省令」という。）第十一条の二第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条新省令第十五条及び第十六条の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下この条において同じ。）及び事業報告書（同条第二項に規定する事業報告書をいう。以下この条において同じ。）から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
附 則（令和元年五月三一日経済産業省令第一二号）
この省令は、令和元年六月一日から施行する。
附 則（令和四年一月三一日経済産業省令第三号）
この省令は、令和四年二月一日から施行する。
附 則（令和四年二月二八日経済産業省令第一三号）
この省令は、特定高度情報通信技術活用システムの開発供給及び導入の促進に関する法律及び国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法の一部を改正する法律の施行の日（令和四年三月一日）から施行する。
附 則（令和五年三月一日経済産業省令第八号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則（令和六年九月二日経済産業省令第五五号）（抄）
（施行期日）
第一条この省令は、新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（以下「法」という。）の施行の日（令和六年九月二日）から施行する。