独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令
（平成十五年政令第二百九十三号）
【制定文】
内閣は、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）第四条第四号及び第五号、第十二条第一項第五号及び第二項第一号、第十三条第二項、第十七条第四項から第六項まで、第十八条第七項、第十九条第七項、第二十八条、第二十九条、附則第二条第九項（同法附則第三条第八項において準用する場合を含む。）及び第十項、第三条第三項及び第十二項から第十四項まで、第九条、第十条第二項、第三項及び第五項、第十一条第一項第四号及び第七項並びに第二十一条並びに同法第十八条第五項の規定により読み替えて適用する独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第四十四条第一項ただし書の規定に基づき、この政令を制定する。
（主要幹線鉄道に係る大都市圏の大都市）
第一条独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（以下「法」という。）第四条第四号の政令で定める大都市は、東京都、大阪市及び名古屋市とする。
（都市鉄道に係る大都市圏以外の大都市）
第二条法第四条第五号の政令で定める大都市は、札幌市、福岡市、広島市及び仙台市とする。
（鉄道施設又は軌道施設の大改良）
第三条法第十三条第一項第五号の政令で定める大規模な改良（以下「大改良」という。）は、次に掲げるものとする。
一本線路が単線である鉄道を本線路が複線である鉄道とするための改良
二本線路が複線である鉄道又は軌道を本線路が四線である鉄道又は軌道とするための改良
三新幹線鉄道の列車が国土交通省令で定める速度以上の速度で走行することができる構造とするための軌間の変更、軌道及び路盤の強化その他の本線路の改良
四列車（新幹線鉄道の列車を除く。）が国土交通省令で定める速度以上の速度で走行することができる構造とするための軌道及び路盤の強化その他の本線路の改良（第六号に掲げるものを除く。）
五貨物輸送に係る輸送力の増強に著しい効果を有する列車の連結車両数の増加を図るために行われる停車場、変電設備その他の鉄道施設の一体的な改良
六都市鉄道等利便増進法（平成十七年法律第四十一号）第二条第六号に規定する都市鉄道利便増進事業として行う同条第三号に規定する都市鉄道施設又は同条第四号に規定する駅施設の改良
（相当の反対給付を受けない給付金）
第四条法第十三条第二項第一号の政令で定める給付金は、譲渡線建設費等利子補給金とする。
（鉄道施設の貸付け等の基準）
第五条法第十四条第一項の規定による鉄道施設又は軌道施設の貸付けで独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下「機構」という。）が行うものは、次に掲げるものとする。
一法第十三条第一項第一号の規定により建設した全国新幹線鉄道整備法（昭和四十五年法律第七十一号）第六条第一項に規定する営業主体（以下「新幹線営業主体」という。）の営業する鉄道に係る鉄道施設の貸付け
二法第十三条第一項第五号の規定により建設した旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（昭和六十一年法律第八十八号）第一条第一項に規定する旅客会社又は日本貨物鉄道株式会社（次項第一号及び第七条第二項第二号において「旅客会社又は貨物会社」という。）の営業する鉄道に係る鉄道施設（次号及び次項第一号に規定するものを除く。）の貸付け
三法第十三条第一項第五号の規定により建設又は大改良をした認定速達性向上事業者（都市鉄道等利便増進法第五条第五項に規定する認定速達性向上事業者をいう。第七条の二において同じ。）又は認定駅施設利用円滑化事業者（同法第十五条第六項に規定する認定駅施設利用円滑化事業者をいう。第七条の二において同じ。）の営業する鉄道又は軌道に係る鉄道施設又は軌道施設の貸付け
２法第十四条第一項の規定による鉄道施設又は軌道施設の譲渡で機構が行うものは、次に掲げるものとする。
一法第十三条第一項第六号の規定により旅客会社又は貨物会社に貸し付けた鉄道施設（日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号。以下「債務等処理法」という。）附則第九条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号。附則第五条において「旧日本国有鉄道清算事業団法」という。）附則第九条第二項第一号及び前項第三号に規定する鉄道施設を除く。）であってその貸し付けた日から起算して第七条第一項第一号の国土交通大臣が指定する期間を経過したものの譲渡
二法第十三条第一項第五号の規定により建設した鉄道施設又は軌道施設であって前項第二号及び第三号並びに前号に規定するもの以外のものの譲渡
３法第十四条第一項の規定による鉄道施設又は軌道施設の貸付け又は譲渡は、次の各号に掲げる場合にあっては、それぞれ当該各号に定める区間ごとに行うものとする。ただし、国土交通大臣がこれらの区間の一部について鉄道事業者が営業を開始することが適当であると認めて指定したときは、これらの区間の一部について行うことができる。
一全国新幹線鉄道整備法第八条の規定による指示があった場合当該指示に係る建設線の区間（新幹線営業主体が当該建設線の区間を分けて指名されている場合にあっては、それぞれの区間）
二法附則第十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる法附則第十四条の規定による廃止前の日本鉄道建設公団法（昭和三十九年法律第三号。附則第十一条第一項及び第十六条において「旧公団法」という。）第二十二条第二項の規定による指示があった場合当該指示に係る工事実施計画において定める工事の区間
（鉄道施設の貸付料の額等の基準）
第六条前条第一項の規定により同項第一号に掲げる鉄道施設を貸し付ける場合における毎事業年度の貸付料の額は、次に掲げる額の合計額に相当する額を基準として定めるものとする。
一当該鉄道施設に係る旅客鉄道事業（次項第一号及び第二号において「新幹線鉄道事業」という。）の開始による当該新幹線営業主体である鉄道事業者の受益の程度を勘案し、当該新幹線営業主体である鉄道事業者が毎事業年度支払うべき額として国土交通大臣が定める方法により算定した額
二当該事業年度の当該鉄道施設に係る租税及び管理費（当該鉄道施設に係るものとして配賦した租税及び管理費を含む。）の合計額
２前項第一号の受益は、第一号に掲げる収支が第二号に掲げる収支より改善することにより当該新幹線営業主体である鉄道事業者が受けると見込まれる利益をいうものとする。
一新幹線鉄道事業及び関連鉄道施設（新幹線鉄道事業の開始により旅客輸送量が相当程度増加又は減少すると見込まれる当該新幹線営業主体である鉄道事業者の営業する鉄道に係る鉄道施設をいう。次号において同じ。）に係る旅客鉄道事業について、当該新幹線営業主体である鉄道事業者が新幹線鉄道事業を開始した場合において見込まれる収支
二新幹線鉄道事業の開始により当該新幹線営業主体である鉄道事業者が廃止することとなる旅客鉄道事業及び関連鉄道施設に係る旅客鉄道事業について、当該新幹線営業主体である鉄道事業者が新幹線鉄道事業を開始しなかったと仮定した場合において見込まれる収支
第七条第五条第一項の規定により同項第二号に掲げる鉄道施設を貸し付ける場合における毎事業年度の貸付料の額は、第一号から第三号までに掲げる額の合計額から第四号に掲げる額を減じて得た額に相当する額を基準として定めるものとする。
一当該鉄道施設の建設に要した費用（当該鉄道施設の建設に係る借入れに係る貸付時までに生じた利子（国土交通大臣が指定する利率により生ずるものとして計算したものに限る。）並びに鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券（以下「機構債券」という。）に係る債券発行費及び債券発行差金並びに当該鉄道施設に係る租税（貸付時までの期間に係るものに限る。）を含む。次号及び次項第一号において同じ。）のうち借入れに係る部分を国土交通大臣が指定する期間及び利率による元利均等半年賦支払の方法により償還するものとした場合における当該事業年度の半年賦金の合計額
二国土交通大臣が定める方法により計算した当該事業年度の当該鉄道施設に係る減価償却費の額に、当該鉄道施設の建設に要した費用のうち借入れに係る部分以外の部分の額を当該鉄道施設の建設に要した費用の額で除して得た率を乗じて計算した額
三当該事業年度の当該鉄道施設に係る機構債券に係る債券発行費及び債券発行差金並びに租税及び管理費（当該鉄道施設に係るものとして配賦した租税及び管理費を含む。）の合計額
四機構が当該事業年度において当該鉄道施設に関し政府の補助（第一号の借入れに係る利子についての補給金を除く。）を受けた場合にあっては、当該補助を受けた金額
２第五条第二項の規定により同項第一号に掲げる鉄道施設を譲渡する場合における譲渡価額は、第一号に掲げる額から第二号及び第三号に掲げる額の合計額を減じて得た額に相当する額を基準として定めるものとする。
一譲渡しようとする鉄道施設の建設に要した費用の額
二旅客会社又は貨物会社が当該鉄道施設に関し既に支払った貸付料の合計額（前項第一号の額のうち利子に相当する部分及び同項第三号の額の合計額に相当する額を除く。）
三機構が当該鉄道施設に係る減価償却費に関し既に政府の補助を受けた場合にあっては、当該補助を受けた金額
第七条の二第五条第一項の規定により同項第三号に掲げる鉄道施設又は軌道施設を貸し付ける場合における毎事業年度の貸付料の額は、認定速達性向上事業者に貸し付ける場合にあっては都市鉄道等利便増進法第五条第五項に規定する認定速達性向上計画（同項の規定による変更の認定があったときは、その変更後のもの）に記載された同条第二項第五号に規定する使用料の額とし、認定駅施設利用円滑化事業者に貸し付ける場合にあっては同法第十四条第十二項に規定する認定交通結節機能高度化計画（同項の規定による変更の認定があったときは、その変更後のもの）に記載された同条第三項に規定する使用料の額とする。
第八条第五条第二項の規定により同項第二号に掲げる鉄道施設又は軌道施設を譲渡する場合における譲渡価額は、当該鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に要した費用（当該鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に係る借入れに係る譲渡時までに生じた利子（国土交通大臣が指定する利率により生ずるものとして計算したものに限る。）並びに機構債券に係る債券発行費及び債券発行差金並びに当該鉄道施設又は軌道施設に係る租税を含む。）のうち機構が負担した額とする。
２第五条第二項の規定により同項第二号に掲げる鉄道施設又は軌道施設を譲渡する場合における対価は、国土交通大臣が指定する期間を支払期間とする割賦支払の方法により支払うべきものとし、その支払額は、次に掲げる額の合計額とする。
一当該鉄道施設又は軌道施設の譲渡価額を元本とする元利均等半年賦支払（その利率は、国土交通大臣が指定する率とする。）の方法による元利支払額
二当該国土交通大臣が指定する期間内の当該鉄道施設又は軌道施設に係る機構債券に係る債券発行費及び債券発行差金並びに管理費（当該鉄道施設又は軌道施設に係るものとして配賦した管理費を含む。）の合計額
３第一項の国土交通大臣が指定する利率及び前項第一号の国土交通大臣が指定する率は、当該鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に係る借入れに係る利子（機構が当該借入れに係る利子について補給金を受けた場合にあっては、当該補給金の額に相当する額を控除した額）を基礎として算出した率とする。
４第二項第一号の国土交通大臣が指定する率が変更された場合においては、同項の国土交通大臣が指定する期間のうち当該変更後の期間に係る同項の支払額は、次に掲げる額の合計額とする。
一当該鉄道施設又は軌道施設の譲渡価額から当該変更前に支払った第二項第一号の元利支払額のうち元本に相当する額を控除した額を元本とする元利均等半年賦支払（その利率は、当該変更された率とする。）の方法による元利支払額
二当該変更後の期間に係る第二項第二号に掲げる額
（特定債権の繰入れの範囲等）
第九条法第十七条第三項第一号に掲げる事業に係る同項の規定による繰入れは、毎事業年度、第一号から第三号までに掲げる額の合計額から第四号から第七号までに掲げる額の合計額を減じて得た額の範囲内において行うものとする。
一法第十七条第三項に規定する特定債権に基づく毎事業年度の支払額
二当該事業年度における法第十七条第五項の規定による繰入金の額
三当該事業年度における法第十七条第六項の規定による繰入金（法附則第三条第十項後段の規定によるものを含む。附則第四条第一項第二号ロ及び第二項第一号において同じ。）、法附則第十一条第一項第五号の規定による貸付金（法附則第十四条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法（平成九年法律第八十三号。以下「旧事業団法」という。）第二十条第一項第三号及び旧事業団法附則第十五条の規定による廃止前の鉄道整備基金法（平成三年法律第四十六号。以下この号及び第七号イにおいて「旧基金法」という。）第二十条第一項第三号の規定による帝都高速度交通営団（以下「営団」という。）に対する貸付金を含む。附則第四条第一項第二号ロ及び第二項第一号において同じ。）の償還金及び旧事業団法第二十条第七項の協定に基づく寄託金（旧基金法第二十条第六項の協定に基づく寄託金を含む。附則第四条第一項第二号ロ及び第二項第一号において同じ。）の返還金の合計額
四当該事業年度における第三項の費用及び法第十七条第四項第三号に規定する管理費の額の合計額
五旧事業団法附則第七条第一項の規定により運輸施設整備事業団（以下「事業団」という。）が承継し、さらに、法附則第三条第一項の規定により機構が承継した債務（当該債務の償還及び当該債務に係る利子の支払に係る借入れに係る債務を含む。）であって機構が当該事業年度の開始の日において負担しているものの償還及び当該債務に係る利子の支払を、償還期間を同日から平成二十九年三月三十一日までの期間とし、利率を当該債務の平均利率（当該事業年度の当該債務に係る利子の額を当該債務の額で除して得た率をいう。）に相当する率として元利均等半年賦支払の方法により行うものとした場合における当該事業年度の償還額及び利子の支払額の合計額
六当該事業年度における法附則第十一条第一項第七号の規定による長期借入金の償還及び当該長期借入金に係る利子の支払に要する費用の額
七当該事業年度において、イ又はロに掲げる額のいずれか多い額
イ旧基金法附則第四条第二項に規定する鉄道整備基金が承継した債務の額に相当する額の債務の償還及び当該債務に係る利子の支払を、償還期間を平成三年十月一日から平成二十九年三月三十一日までの期間とし、利率を年六・三五パーセントとして元利均等半年賦支払の方法により行うものとした場合における当該事業年度の償還額及び利子の支払額並びに第三号に掲げる額の合計額
ロ当該事業年度における法附則第三条第十一項の規定により繰り入れる額（当該事業年度における法附則第十一条第一項第六号の規定による長期借入金の額に相当する額を除く。）
２法第十七条第三項第二号に掲げる事業に係る同項の規定による繰入れ及び法附則第十一条第一項第五号の規定による助成は、毎事業年度、前項第七号イに掲げる額から同号ロに掲げる額を減じて得た額の範囲内において行うものとする。
３法第十七条第四項第三号の政令で定める費用は、租税及び機構債券に係る債券発行費とする。
４法第十七条第四項第三号の政令で定めるところにより算定した額は、当該事業年度における第一項第四号及び第五号並びに第七号ロに掲げる額の合計額とする。
（新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設の剰余金の算定方法）
第十条法第十七条第五項の剰余金は、各事業年度において、第一号に掲げる額から第二号及び第三号に掲げる額の合計額を減ずることによりその額を算定するものとする。
一法第十七条第五項に規定する事業により建設された鉄道施設を機構が法第十三条第一項第三号の規定により鉄道事業者に貸し付ける場合において当該事業年度における貸付料の額から当該事業年度における当該貸付けに係る鉄道施設に関する租税及び管理費（機構において当該鉄道施設に係るものとして配賦した租税及び管理費を含む。）の合計額を減じて得た額
二機構において当該事業年度における法第十七条第五項に規定する事業に要する費用の額（機構が当該事業年度において当該事業に関し補助金の交付又は法附則第十条第一項の規定による無利子貸付金の貸付けを受けた場合にあっては、当該補助金又は無利子貸付金の額に相当する額を控除した額）
三機構において法第十七条第五項に規定する事業に係る借入れに係る債務について当該事業年度における当該債務の償還及び当該債務に係る利子の支払に要する費用の額
（鉄道施設又は軌道施設の建設及び大改良に係る繰入れ）
第十一条法第十七条第六項の規定による繰入れは、同条第三項第二号に掲げる事業に要する費用の一部に充てるため同項の規定により繰り入れた日から十年六月を経過する日及びその日から六月を経過する日ごとに、当該繰り入れた金額の百分の五に相当する金額を当該繰り入れた金額に相当する金額に達するまで繰り入れることにより行うものとする。
（毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法）
第十二条次の各号に掲げる勘定における法第十八条第四項の規定により読み替えて適用する独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第四十四条第一項ただし書の政令で定めるところにより計算した額（第十七条において「毎事業年度において国庫に納付すべき額」という。）は、それぞれ当該各号に定める額とする。
一法第十七条第一項第二号に掲げる業務に係る勘定イに掲げる額からロに掲げる額を減じて得た額
イ当該事業年度における通則法第四十四条第一項に規定する残余の額
ロ当該事業年度における政府からの出資額の二分の一に相当する額から当該事業年度の前事業年度までに積み立てた積立金の額を減じて得た額
二法第十七条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定当該事業年度における通則法第四十四条第一項に規定する残余の額に百分の九十を乗じて得た額
（積立金の処分に係る承認の手続）
第十三条機構は、通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下「中期目標の期間」という。）の最後の事業年度（以下「期間最後の事業年度」という。）に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金がある場合において、その額に相当する金額の全部又は一部を法第十八条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により当該中期目標の期間の次の中期目標の期間における法第十三条に規定する業務（法第十七条第三項及び法附則第三条第十一項に規定する繰入れを含む。）の財源に充てようとするときは、次に掲げる事項を記載した承認申請書を国土交通大臣に提出し、当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の六月三十日までに、法第十八条第一項の規定による承認を受けなければならない。
一法第十八条第一項の規定による承認を受けようとする金額
二前号の金額を財源に充てようとする業務の内容
２機構は、法第十七条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定において、法第十八条第一項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余がある場合において、その額に相当する金額の全部又は一部を同条第二項の規定により当該中期目標の期間の次の中期目標の期間における同条第一項に規定する積立金として整理しようとするときは、同条第二項の規定による承認を受けようとする金額を記載した承認申請書を国土交通大臣に提出し、当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の六月三十日までに、当該規定による承認を受けなければならない。
３前二項の承認申請書には、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の国土交通省令で定める書類を添付しなければならない。
（国庫納付金の納付の手続）
第十四条機構は、法第十八条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。第十六条第一項及び第二項において同じ。）に規定する残余があるときは、当該規定による納付金（以下「国庫納付金」という。）の計算書に、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の当該国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の六月三十日までに、これを国土交通大臣に提出しなければならない。ただし、前条第一項又は第二項の承認申請書を提出したときは、これらに添付した同条第三項に規定する書類と同一の書類は、提出することを要しない。
２国土交通大臣は、前項の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。
（国庫納付金の納付期限）
第十五条国庫納付金は、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の七月十日までに納付しなければならない。
（国庫納付金の帰属する会計）
第十六条法第十七条第一項第一号及び第二号に掲げる業務に係る勘定における国庫納付金については、法第十八条第三項に規定する残余の額を政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定（特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）附則第六十六条第十五号の規定による廃止前の産業投資特別会計法（昭和二十八年法律第百二十二号）に基づく産業投資特別会計の産業投資勘定及び特別会計に関する法律附則第六十七条第一項第二号の規定により設置する産業投資特別会計の産業投資勘定を含む。次項において同じ。）からの出資金の額に応じて按分した額を、それぞれ政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定に帰属させるものとする。
２前項に規定する出資金の額は、法第十八条第三項に規定する残余の額を生じた中期目標の期間の開始の日における政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定からの出資金の額（同日後当該中期目標の期間中に政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定から機構に出資があったときは、当該出資があった日から当該中期目標の期間の末日までの日数を当該中期目標の期間の日数で除して得た数を当該出資の額に乗じて得た額を、それぞれ加えた額）とする。
３法第十七条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定における国庫納付金については、財政投融資特別会計の投資勘定に帰属させるものとする。
４法第十七条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定における国庫納付金については、一般会計に帰属させるものとする。
（毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付の手続等）
第十七条前三条の規定は、毎事業年度において国庫に納付すべき額を国庫に納付する場合について準用する。この場合において、第十四条第一項及び第十五条中「期間最後の事業年度」とあり、並びに前条第二項中「中期目標の期間」とあるのは、「事業年度」と読み替えるものとする。
（機構債券の形式）
第十八条機構債券は、無記名利札付きとする。
（機構債券の発行の方法）
第十九条機構債券の発行は、募集の方法による。
（機構債券申込証）
第二十条機構債券の募集に応じようとする者は、鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券申込証（以下「機構債券申込証」という。）に、その引き受けようとする機構債券の数並びにその氏名又は名称及び住所を記載しなければならない。
２社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号。以下「社債等振替法」という。）の規定の適用がある機構債券（次条第二項において「振替機構債券」という。）の募集に応じようとする者は、前項の記載事項のほか、自己のために開設された当該機構債券の振替を行うための口座（同条第二項において「振替口座」という。）を機構債券申込証に記載しなければならない。
３機構債券申込証は、機構が作成し、これに次に掲げる事項を記載しなければならない。
一機構債券の名称
二機構債券の総額
三各機構債券の金額
四機構債券の利率
五機構債券の償還の方法及び期限
六利息の支払の方法及び期限
七機構債券の発行の価額
八社債等振替法の規定の適用があるときは、その旨
九社債等振替法の規定の適用がないときは、無記名式である旨
十応募額が機構債券の総額を超える場合の措置
十一募集又は管理の委託を受けた会社があるときは、その商号
（機構債券の引受け）
第二十一条前条の規定は、政府若しくは地方公共団体が機構債券を引き受ける場合又は機構債券の募集の委託を受けた会社が自ら機構債券を引き受ける場合においては、その引き受ける部分については、適用しない。
２前項の場合において、振替機構債券を引き受ける政府若しくは地方公共団体又は振替機構債券の募集の委託を受けた会社は、その引受けの際に、振替口座を機構に示さなければならない。
（機構債券の成立の特則）
第二十二条機構債券の応募総額が機構債券の総額に達しないときであっても機構債券を成立させる旨を機構債券申込証に記載したときは、その応募額をもって機構債券の総額とする。
（機構債券の払込み）
第二十三条機構債券の募集が完了したときは、機構は、遅滞なく、各機構債券についてその全額の払込みをさせなければならない。
（債券の発行）
第二十四条機構は、前条の払込みがあったときは、遅滞なく、債券を発行しなければならない。ただし、機構債券につき社債等振替法の規定の適用があるときは、この限りでない。
２各債券には、第二十条第三項第一号から第六号まで、第九号及び第十一号に掲げる事項並びに番号を記載し、機構の理事長がこれに記名押印しなければならない。
（機構債券原簿）
第二十五条機構は、主たる事務所に鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券原簿（次項において「機構債券原簿」という。）を備えて置かなければならない。
２機構債券原簿には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一機構債券の発行の年月日
二機構債券の数（社債等振替法の規定の適用がないときは、機構債券の数及び番号）
三第二十条第三項第一号から第六号まで、第八号及び第十一号に掲げる事項
四元利金の支払に関する事項
（利札が欠けている場合）
第二十六条機構債券を償還する場合において、欠けている利札があるときは、これに相当する金額を償還額から控除する。ただし、既に支払期が到来した利札については、この限りでない。
２前項の利札の所持人がこれと引換えに控除金額の支払を請求したときは、機構は、これに応じなければならない。
（機構債券の発行の認可）
第二十七条機構は、法第十九条第一項の規定により機構債券の発行の認可を受けようとするときは、機構債券の募集の日の二十日前までに次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一機構債券の発行を必要とする理由
二第二十条第三項第一号から第八号までに掲げる事項
三機構債券の募集の方法
四機構債券の発行に要する費用の概算額
五第二号に掲げるもののほか、債券に記載しようとする事項
２前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一作成しようとする機構債券申込証
二機構債券の発行により調達する資金の使途を記載した書面
三機構債券の引受けの見込みを記載した書面
（他の法令の準用）
第二十八条次に掲げる法令の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
一建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第十八条（同法第八十七条第一項、第八十七条の四、第八十八条第一項、第二項若しくは第三項又は第九十条第三項において準用する場合を含む。）
二港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第三十七条第三項（同法第四十三条の八第四項及び第五十五条の三の五第四項において準用する場合を含む。）並びに第三十八条の二第一項、第九項及び第十項
三土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）第十一条第一項ただし書、第十五条第一項、第十七条第一項第一号（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第二十一条（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第八十二条第五項及び第六項（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第八十三条第三項（同法第八十四条第三項（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）及び第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第百二十二条第一項ただし書（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）並びに第百二十五条第一項ただし書（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）
四都市公園法（昭和三十一年法律第七十九号）第九条（同法第三十三条第四項において準用する場合を含む。）
五公共用地の取得に関する特別措置法（昭和三十六年法律第百五十号）第五条ただし書（同法第四十五条において準用する場合を含む。）及び第八条（同法第四十五条において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第二十一条
六宅地造成及び特定盛土等規制法（昭和三十六年法律第百九十一号）第十五条第一項（同法第十六条第三項において準用する場合を含む。）及び第三十四条第一項（同法第三十五条第三項において準用する場合を含む。）
七古都における歴史的風土の保存に関する特別措置法（昭和四十一年法律第一号）第七条第三項及び第九条第八項
八首都圏近郊緑地保全法（昭和四十一年法律第百一号）第七条第三項
九流通業務市街地の整備に関する法律（昭和四十一年法律第百十号）第三十七条第一項及び第三十八条第一項第一号
十近畿圏の保全区域の整備に関する法律（昭和四十二年法律第百三号）第八条第三項
十一都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第三十四条の二第一項（同法第三十五条の二第四項において準用する場合を含む。）、第四十二条第二項、第四十三条第三項、第五十二条第三項、第五十二条の二第二項（同法第五十三条第二項、第五十七条の三第一項及び第六十五条第三項並びに密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律（平成九年法律第四十九号）第二百八十三条第三項において準用する場合を含む。）、第五十八条の二第一項第三号、第五十八条の七第一項、第五十九条第三項及び第四項、第六十三条第一項並びに第八十条第一項
十二林業種苗法（昭和四十五年法律第八十九号）第三十一条
十三都市緑地法（昭和四十八年法律第七十二号）第八条第七項及び第八項、第十四条第八項並びに第三十七条第二項
十四幹線道路の沿道の整備に関する法律（昭和五十五年法律第三十四号）第十条第一項第三号
十五集落地域整備法（昭和六十二年法律第六十三号）第六条第一項第三号
十六密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第三十三条第一項第三号
十七土砂災害警戒区域等における土砂災害防止対策の推進に関する法律（平成十二年法律第五十七号）第十五条
十八大深度地下の公共的使用に関する特別措置法（平成十二年法律第八十七号）第九条において準用する土地収用法第十一条第一項ただし書及び第十五条第一項並びに大深度地下の公共的使用に関する特別措置法第十一条第一項第一号、第十八条及び第三十九条ただし書
十九建設工事に係る資材の再資源化等に関する法律（平成十二年法律第百四号）第十一条
二十特定都市河川浸水被害対策法（平成十五年法律第七十七号）第三十五条（同法第三十七条第四項及び第三十九条第四項において準用する場合を含む。）、第六十条（同法第六十二条第四項において準用する場合を含む。）及び第六十九条（同法第七十一条第五項において準用する場合を含む。）
二十一景観法（平成十六年法律第百十号）第十六条第五項及び第六項、第二十二条第四項並びに第六十六条第一項から第三項まで及び第五項
二十二不動産登記法（平成十六年法律第百二十三号）第十六条及び第百十五条から第百十七条まで（これらの規定を船舶登記令（平成十七年政令第十一号）第三十五条第一項及び第二項において準用する場合を含む。）並びに第百十八条第二項（同条第三項において準用する場合を含む。）
二十三高齢者、障害者等の移動等の円滑化の促進に関する法律（平成十八年法律第九十一号）第十五条第二項
二十四地域における歴史的風致の維持及び向上に関する法律（平成二十年法律第四十号）第十五条第六項及び第七項並びに第三十三条第一項第三号
二十五建築物のエネルギー消費性能の向上等に関する法律（平成二十七年法律第五十三号）第十二条及び第十三条第二項
二十六所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法（平成三十年法律第四十九号）第六条ただし書、第八条第一項並びに第四十三条第三項及び第五項並びに同法第三十五条第一項（同法第三十七条第四項において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第八十四条第三項において準用する同法第八十三条第三項
二十七都市計画法施行令（昭和四十四年政令第百五十八号）第三十六条の五、第三十六条の九、第三十七条の二及び第三十八条の三
二十八大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法施行令（昭和五十年政令第三百六号）第三条及び第十一条
二十九地方拠点都市地域の整備及び産業業務施設の再配置の促進に関する法律施行令（平成四年政令第二百六十六号）第六条
三十被災市街地復興特別措置法施行令（平成七年政令第三十六号）第三条
三十一不動産登記令（平成十六年政令第三百七十九号）第七条第一項第六号（同令別表の七十三の項に係る部分に限る。）及び第二項並びに第十六条第四項、第十七条第二項、第十八条第四項及び第十九条第二項（これらの規定を船舶登記令第三十五条第一項及び第二項において準用する場合を含む。）
三十二景観法施行令（平成十六年政令第三百九十八号）第二十二条第二号（同令第二十四条において準用する場合を含む。）
三十三船舶登記令第十三条第一項第五号（同令別表一の三十二の項に係る部分に限る。）及び第二項並びに第二十七条第一項第四号（同令別表二の二十二の項に係る部分に限る。）及び第二項
２前項の規定により次の表の上欄に掲げる法令の規定を準用する場合においては、これらの規定中の字句で同表の中欄に掲げるものは、それぞれ同表の下欄の字句と読み替えるものとする。
| 土地収用法第二十一条第一項（第百三十八条第一項において準用する場合を含む。） | 行政機関若しくはその地方支分部局の長 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 |
| 土地収用法第二十一条第二項（第百三十八条第一項において準用する場合を含む。） | 行政機関又はその地方支分部局の長 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 |
| 土地収用法第百二十二条第一項ただし書（第百三十八条第一項において準用する場合を含む。） | 当該事業の施行について権限を有する行政機関又はその地方支分部局の長 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 |
| 公共用地の取得に関する特別措置法第八条（第四十五条において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第二十一条第一項 | 行政機関若しくはその地方支分部局の長 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 |
| 公共用地の取得に関する特別措置法第八条（第四十五条において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第二十一条第二項 | 行政機関又はその地方支分部局の長 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 |
| 不動産登記令第七条第二項並びに船舶登記令第十三条第二項及び第二十七条第二項 | 命令又は規則により指定された官庁又は公署の職員 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構の理事長が指定し、その旨を官報により公告した独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構の役員又は職員 |
第二十九条勅令及び政令以外の命令であって国土交通省令で定めるものについては、国土交通省令で定めるところにより、機構を国の行政機関とみなして、これらの命令を準用する。
附 則（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、平成十五年十月一日から施行する。ただし、次条から附則第六条までの規定、附則第四十六条中国土交通省組織令（平成十二年政令第二百五十五号）第四十一条の改正規定（同条第三号の次に一号を加える部分に限る。）及び附則第四十八条の規定は、同年七月一日から施行する。
（国が承継する資産の範囲等）
第二条法附則第三条第二項の規定により国が承継する資産は、法附則第十一条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧事業団法第二十条第一項第九号の規定により事業団が締結している保証契約に係る事業団の業務に係る基金の額に相当する資産及び国土交通大臣が財務大臣に協議して定める資産とする。
２前項に規定する国が承継する資産のうち、同項に規定する基金の額に相当する資産は産業投資特別会計産業投資勘定に、同項に規定する国土交通大臣が定める資産は国土交通大臣が財務大臣に協議して定めるところにより一般会計又は産業投資特別会計産業投資勘定に帰属させるものとする。
３前項の規定により国が産業投資特別会計産業投資勘定において現金を承継する場合においては、当該現金は、産業投資特別会計産業投資勘定の歳入とする。
（建設勘定から助成勘定に繰り入れる方法）
第三条法附則第三条第十項後段の政令で定める方法は、次の表の上欄に掲げる期限ごとに、それぞれ同表の下欄に掲げる金額を繰り入れる方法とする。
| 期限 | 金額 |
| 平成十六年一月三十一日 | 二十一億八千九百三十五万五千円 |
| 平成十六年三月二十日 | 十一億二千五百五十五万七千円 |
| 平成十六年七月三十一日 | 二十二億二千五百六十二万三千二百六十円 |
| 平成十六年九月二十日 | 十二億七百八十四万七千円 |
| 平成十七年一月三十一日 | 二十二億六千五百六十四万六千円 |
| 平成十七年三月二十日 | 十二億七百八十四万七千円 |
| 平成十七年七月三十一日 | 二十三億三千百十五万二百四円 |
| 平成十七年九月二十日 | 十二億七百八十四万七千円 |
| 平成十八年一月三十一日 | 二十三億三千百十二万五千円 |
| 平成十八年三月二十日 | 十二億七百八十四万七千円 |
| 平成十八年七月三十一日 | 二十三億三千百十二万五千円 |
| 平成十八年九月二十日 | 十二億七百八十四万七千円 |
| 平成十九年一月三十一日 | 二十三億三千百十二万五千円 |
| 平成十九年三月二十日 | 十二億七百八十四万七千円 |
| 平成十九年七月三十一日 | 二十五億千九百九十七万五千円 |
| 平成十九年九月二十日 | 十三億千百八十万三千円 |
| 平成二十年一月三十一日 | 二十八億三千五百二十七万五千円 |
| 平成二十年三月二十日 | 十三億千百八十万三千円 |
| 平成二十年七月三十一日 | 二十八億九千二百七十五万千円 |
| 平成二十年九月二十日 | 十五億九百二十二万八千円 |
| 平成二十一年一月三十一日 | 三十一億九千四十四万六千円 |
| 平成二十一年三月二十日 | 十四億五千七百六十三万三千円 |
| 平成二十一年七月三十一日 | 三十億八千七百三十二万六千円 |
| 平成二十一年九月二十日 | 十七億六千二百二十七万四千円 |
| 平成二十二年一月三十一日 | 三十二億六千六百九十一万六千円 |
| 平成二十二年三月二十日 | 十六億百四十一万九千円 |
| 平成二十二年七月三十一日 | 三十四億三千百五十二万四千円 |
| 平成二十二年九月二十日 | 二十億五千六百五十七万四千円 |
| 平成二十三年一月三十一日 | 三十八億四百六十八万九千円 |
| 平成二十三年三月二十日 | 十九億六千九百二十七万四千円 |
| 平成二十三年七月三十一日 | 三十八億七千八百十四万九千円 |
| 平成二十三年九月二十日 | 二十四億五千八百二十二万千円 |
| 平成二十四年一月三十一日 | 四十億六千二十八万三千円 |
| 平成二十四年三月二十日 | 二十四億二千九百四十一万千円 |
| 平成二十四年七月三十一日 | 四十五億八千百四十五万千円 |
| 平成二十四年九月二十日 | 三十二億六百二十一万六千円 |
| 平成二十五年一月三十一日 | 五十四億六千九万二千円 |
| 平成二十五年三月二十日 | 三十二億六百二十一万六千円 |
| 平成二十五年七月三十一日 | 七十八億千九百九十八万円 |
| 平成二十五年九月二十日 | 三十一億三千六百五十一万六千円 |
| 平成二十六年一月三十一日 | 九十九億五千八百二十九万円 |
| 平成二十六年三月二十日 | 三十一億三千六百五十一万六千円 |
| 平成二十六年七月三十一日 | 九十九億二千二百三万九千円 |
| 平成二十六年九月二十日 | 三十億五千四百二十二万六千円 |
| 平成二十七年一月三十一日 | 九十八億八千百九十九万九千円 |
| 平成二十七年三月二十日 | 三十億五千四百二十二万六千円 |
| 平成二十七年七月三十一日 | 九十八億千六百五十二万円 |
| 平成二十七年九月二十日 | 三十億五千四百二十二万六千円 |
| 平成二十八年一月三十一日 | 九十八億千六百五十二万円 |
| 平成二十八年三月二十日 | 三十億五千四百二十二万六千円 |
| 平成二十八年七月三十一日 | 九十八億千六百五十二万円 |
| 平成二十八年九月二十日 | 三十億五千四百二十二万六千円 |
| 平成二十九年一月三十一日 | 九十八億千六百五十二万円 |
| 平成二十九年三月二十日 | 三十億五千四百二十二万六千円 |
| 平成二十九年七月三十一日 | 九十六億二千七百六十七万円 |
| 平成二十九年九月二十日 | 二十九億四千三百十五万円 |
| 平成三十年一月三十一日 | 九十二億八千十七万円 |
| 平成三十年三月二十日 | 二十九億四千三百十五万円 |
| 平成三十年七月三十一日 | 九十一億六千五百八十七万円 |
| 平成三十年九月二十日 | 二十七億千五百八十五万円 |
| 平成三十一年一月三十一日 | 八十八億五十二万円 |
| 平成三十一年三月二十日 | 二十七億千五百八十五万円 |
| 令和元年七月三十一日 | 八十七億二千六百四十七万円 |
| 令和元年九月二十日 | 二十三億三十万円 |
| 令和二年一月三十一日 | 八十三億三千八百五十七万円 |
| 令和二年三月二十日 | 二十三億三十万円 |
| 令和二年七月三十一日 | 八十億七千三百四十七万円 |
| 令和二年九月二十日 | 十六億三千四百十万円 |
| 令和三年一月三十一日 | 七十五億三百六十二万円 |
| 令和三年三月二十日 | 十六億三千四百十万円 |
| 令和三年七月三十一日 | 七十一億千六百十七万円 |
| 令和三年九月二十日 | 九億四千五百四十五万円 |
| 令和四年一月三十一日 | 六十三億九千二百七十二万円 |
| 令和四年三月二十日 | 九億四千五百四十五万円 |
| 令和四年七月三十一日 | 五十七億七千三百七万円 |
| 令和五年一月三十一日 | 四十六億四千四百十二万円 |
| 令和五年七月三十一日 | 二十二億千四百九十二万円 |
（助成勘定から新特例業務勘定に繰り入れる方法）
第四条法附則第三条第十一項の政令で定める方法は、次に掲げるところにより繰り入れる方法とする。
一旧事業団法附則第七条第一項の規定により事業団が承継した日本鉄道建設公団（以下「公団」という。）に対して負担する債務のうち機構の成立の日までに償還されていないもの及び当該未償還の債務に係る利子を、それぞれ債務等処理法第二十七条第一項に規定する勘定から法第十七条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定への貸付金及び当該貸付金に係る利子とみなし、当該みなされた貸付金及び当該みなされた貸付金に係る利子の額に相当する金額を、それぞれ次に掲げるところにより各事業年度の半期ごとに繰り入れるものとすること。
イ繰入期間機構の成立の日から、同日から起算して四十八年を経過する日までの期間
ロ利率年六・三五パーセント
ハ半期ごとの繰入れの期限毎事業年度、九月三十日又は三月三十一日
二前号に規定する半期ごとに繰り入れるべき金額（次号において「要繰入額」という。）は、イからハまでに掲げる額の合計額に等しい額とすること。
イ国土交通大臣が、前号イの繰入期間を区分して指定する期間ごとに定める額
ロ当該半期における法第十七条第六項の規定による繰入金、法附則第十一条第一項第五号の規定による貸付金の償還金及び旧事業団法第二十条第七項の協定に基づく寄託金の返還金の合計額
ハ当該半期における法附則第十一条第一項第六号の規定による長期借入金の額
三機構は、要繰入額を超えて繰入れを行うことができるものとし、この場合においては、当該半期の次の半期（以下この号において「翌半期」という。）に係る前号イからハまでに掲げる額の合計額からその超えて繰入れを行った額を減じて得た額を翌半期における要繰入額とすること。
２国土交通大臣は、次に掲げるところにより、前項第二号イの期間を指定し、及び同号イの額を定めるものとする。
一国土交通大臣が指定する期間は、債務等処理法第十三条第一項及び第二項に規定する業務の実施の状況を勘案して指定するものとし、当該期間のうちの最後の期間（次号及び第三号において「最後の指定期間」という。）は、法第十七条第六項の規定による繰入金の繰入れが全て完了する日、法附則第十一条第一項第五号の規定による貸付金の償還が全て完了する日又は旧事業団法第二十条第七項の協定に基づく寄託金の返還が全て完了する日のうち最も遅い日の翌日以後の期間について指定するものとすること。
二国土交通大臣がその指定する期間（最後の指定期間を除く。）ごとに定める額は、当該期間内の機構の各事業年度における第九条第一項第一号に掲げる額から同項第四号から第六号までに掲げる額の合計額を減じて得た額の二分の一に相当する額の範囲内において債務等処理法第十三条第一項及び第二項に規定する業務の実施の状況を勘案して定める額とすること。
三国土交通大臣が最後の指定期間について定める額は、最後の指定期間の開始の日において前項第一号の規定により貸付金とみなされたものの償還及び当該みなされた貸付金に係る利子の支払を、次に掲げるところによる元利均等半年賦支払の方法により行うものとした場合における当該半年賦金に相当する額とすること。
イ償還期間最後の指定期間に等しい期間
ロ利率年六・三五パーセント
３国土交通大臣は、第一項第二号イの期間を指定し、及び同号イの額を定めようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。
（本州と北海道を連絡する鉄道施設の貸付料の基準）
第五条旧日本国有鉄道清算事業団法附則第九条第二項第一号に規定する鉄道施設を貸し付ける場合における毎事業年度の貸付料の額は、第七条第一項の規定にかかわらず、当該事業年度の当該鉄道施設に係る租税及び管理費（当該鉄道施設に係るものとして配賦した租税及び管理費を含む。）の合計額に相当する額を基準として定めるものとする。
（国の貸付金の償還期間等）
第六条法附則第十条第二項の政令で定める期間は、五年（二年の据置期間を含む。）とする。
２前項の期間は、日本電信電話株式会社の株式の売払収入の活用による社会資本の整備の促進に関する特別措置法（昭和六十二年法律第八十六号）第五条第一項の規定により読み替えて準用される補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）第六条第一項の規定による貸付けの決定（以下この項において「貸付決定」という。）ごとに、当該貸付決定に係る法附則第十条第一項の規定による国の貸付金（次項及び第四項において「国の貸付金」という。）の交付を完了した日（その日が当該貸付決定があった日の属する年度の末日の前日以後の日である場合には、当該年度の末日の前々日）の翌日から起算する。
３国の貸付金の償還は、均等年賦償還の方法によるものとする。
４国は、国の財政状況を勘案し、相当と認めるときは、国の貸付金の全部又は一部について、前三項の規定により定められた償還期限を繰り上げて償還させることができる。
５法附則第十条第五項の政令で定める場合は、前項の規定により償還期限を繰り上げて償還を行った場合とする。
（日本貨物鉄道株式会社に対する助成金の交付額の範囲）
第七条日本貨物鉄道株式会社（以下この条において「貨物会社」という。）が各事業年度においてする法附則第十一条第一項第一号に規定する鉄道線路（以下この条において「特定鉄道線路」という。）の使用に係る同号の規定による助成金の交付は、第一号に掲げる額から第二号に掲げる額を減じて得た額の範囲内において行うものとする。
一当該事業年度における特定鉄道線路の使用に係るものとして貨物会社が支払う使用料の額
二全国新幹線鉄道整備法第四条第一項に規定する建設線の全部又は一部の区間の営業の開始により特定鉄道線路に係る鉄道事業を廃止した当該建設線に係る新幹線営業主体が当該事業年度において鉄道線路を貨物会社に使用させる場合における使用料の額の算出方法を勘案して国土交通大臣が定めるところにより当該事業年度における特定鉄道線路の使用に係るものとして貨物会社が支払う使用料の額を算出した場合における当該使用料の額に相当する額
（東京地下鉄株式会社が行う大規模な改良）
第八条法附則第十一条第一項第五号の政令で定める大規模な改良は、次に掲げるものとする。
一本線路が単線である鉄道を本線路が複線である鉄道とするための改良
二本線路が複線である鉄道を本線路が四線である鉄道とするための改良
（中央新幹線の建設に係る貸付金の貸付け）
第八条の二法附則第十一条第一項第四号に規定する建設主体は、同号の規定による貸付金の貸付けを受けようとする場合には、当該貸付金の借入れの効果その他の国土交通省令で定める事項を記載した申請書を機構に提出しなければならない。
（都市鉄道に係る鉄道施設の建設等に係る貸付金の償還）
第九条法附則第十一条第一項第五号の規定による貸付金の償還条件は、貸し付けた日から五年間据置き十年間半年賦均等償還とする。
２機構は、東京地下鉄株式会社が前項の貸付金の償還を怠ったときは、償還期限の翌日から償還の日までの日数に応じ、当該償還すべき金額につき年十・七五パーセントの割合を乗じて計算した延滞金を徴収することができる。
３機構は、東京地下鉄株式会社が第一項の貸付金の償還を怠ったとき、又は当該貸付金の貸付けに係る法附則第十一条第七項に規定する事業について法附則第十二条第三項の規定による認定の取消しがあったときは、当該貸付金の全部又は一部について償還期限を繰り上げることができる。
（業務の特例に関する経過措置）
第十条法附則第十一条第五項の規定により機構が行う同項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧事業団法第二十条第一項第二号の業務については、附則第十五条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法施行令（平成九年政令第二百六十四号。附則第十七条において「旧事業団法施行令」という。）第三条の規定は、同号の業務が終了するまでの間は、なおその効力を有する。
（鉄道施設の貸付け等の基準等に関する経過措置）
第十一条この政令の施行の際現に公団が旧公団法第二十三条第一項の規定により貸し付けている鉄道施設又はこの政令の施行の日前に公団が同項の規定により譲渡した鉄道施設については、機構が法第十三条第一項第三号又は第六号の規定により貸し付け、又は譲渡したものとみなして、第六条から第八条まで、附則第五条及び次条の規定を適用する。
２この政令の施行の際現に事業団が旧事業団法第二十条第一項第三号の規定により営団に対して貸し付けている資金については、機構が法附則第十一条第一項第五号の規定により貸し付けているものとみなして、附則第九条の規定を適用する。
第十二条法第十三条第一項第六号の規定により機構が鉄道施設又は軌道施設を貸し付け又は譲渡しようとする場合であって当該鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に要した費用の全部又は一部を公団が負担したときにおける第七条及び第八条の規定の適用については、第七条第一項第一号中「鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券（以下「機構債券」という。）」とあるのは「鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券（以下「機構債券」という。）及び鉄道建設債券」と、同条第二項第三号中「機構」とあるのは「機構又は公団」と、第八条第一項中「機構債券」とあるのは「機構債券及び鉄道建設債券」と、「機構が」とあるのは「機構及び公団が」と、同条第二項第二号中「機構債券」とあるのは「機構債券及び鉄道建設債券」と、同条第三項中「機構」とあるのは「機構又は公団」とする。
（国家公務員退職手当法の適用に関する経過措置）
第十三条法の施行の際現に法附則第十六条の規定による改正前の債務等処理法附則第三条第三項の規定の適用を受けている者の国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、同項の規定は、その者が当該退職手当の支給を受けるまでの間は、なおその効力を有する。
（公団又は事業団がした行為等に関する経過措置）
第十四条法の施行の日前に公団若しくは事業団がした行為又は法の施行の際現に公団若しくは事業団に対してされている行為は、法又はこの政令に別段の定めがあるもののほか、国土交通省令で定めるところにより、それぞれ機構がした行為又は機構に対してされている行為とみなす。
（日本鉄道建設公団法施行令等の廃止）
第十五条次に掲げる政令は、廃止する。
一日本鉄道建設公団法施行令（昭和三十九年政令第二十三号）
二鉄道建設債券令（昭和四十年政令第百七十五号）
三運輸施設整備事業団法施行令
（鉄道建設債券原簿等に係る経過措置）
第十六条公団が旧公団法第二十九条第一項の規定により発行した鉄道建設債券に係る鉄道建設債券原簿及び利札の取扱いについては、前条の規定による廃止前の鉄道建設債券令第九条及び第十条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同令第九条第一項中「公団は」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構は、その鉄道建設債券原簿に係る鉄道建設債券の償還及びその利息の支払を完了するまでの間」と、同条第二項第三号中「第四条第三項第一号」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令附則第十五条の規定による廃止前の鉄道建設債券令第四条第三項第一号」と、同令第十条第二項中「公団」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」とする。
（運輸施設整備事業団債券原簿等に係る経過措置）
第十七条事業団が旧事業団法第三十条第一項の規定により発行した運輸施設整備事業団債券に係る運輸施設整備事業団債券原簿及び利札の取扱いについては、旧事業団法施行令第十九条及び第二十条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧事業団法施行令第十九条第一項中「事業団は」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構は、その運輸施設整備事業団債券原簿に係る運輸施設整備事業団債券の償還及びその利息の支払を完了するまでの間」と、同条第二項第三号中「第十四条第三項第一号」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令附則第十五条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法施行令第十四条第三項第一号」と、旧事業団法施行令第二十条第二項中「事業団」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」とする。
附 則（平成一五年一二月一七日政令第五二三号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成十五年十二月十九日）から施行する。
附 則（平成一六年三月一九日政令第四九号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、公布の日から施行する。ただし、第一章並びに第十一条から第十三条まで及び次条の規定は、平成十六年四月一日から施行する。
附 則（平成一六年四月二一日政令第一六八号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、法の施行の日（平成十六年五月十五日）から施行する。
附 則（平成一六年一二月一五日政令第三九六号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、都市緑地保全法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成十六年十二月十七日。以下「施行日」という。）から施行する。
（処分、手続等の効力に関する経過措置）
第四条改正法附則第二条から第五条まで及び前二条に規定するもののほか、施行日前に改正法による改正前のそれぞれの法律又はこの政令による改正前のそれぞれの政令の規定によってした処分、手続その他の行為であって、改正法による改正後のそれぞれの法律又はこの政令による改正後のそれぞれの政令に相当の規定があるものは、これらの規定によってした処分、手続その他の行為とみなす。
附 則（平成一六年一二月一五日政令第三九九号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、景観法の施行の日（平成十六年十二月十七日）から施行する。
附 則（平成一七年二月一八日政令第二四号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、不動産登記法の施行の日（平成十七年三月七日）から施行する。
附 則（平成一七年四月一日政令第一一八号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、公布の日から施行する。
附 則（平成一七年五月二五日政令第一八二号）
この政令は、景観法附則ただし書に規定する規定の施行の日（平成十七年六月一日）から施行する。
附 則（平成一七年六月二二日政令第二二二号）
この政令は、都市鉄道等利便増進法の施行の日（平成十七年八月一日）から施行する。
附 則（平成一七年七月二九日政令第二六二号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年九月一日）から施行する。
附 則（平成一八年五月一七日政令第一九七号）
この政令は、公布の日から施行する。
附 則（平成一八年六月八日政令第二一三号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、公布の日から施行する。
附 則（平成一八年一一月六日政令第三五〇号）（抄）
この政令は、都市の秩序ある整備を図るための都市計画法等の一部を改正する法律の施行の日（平成十九年十一月三十日）から施行する。
附 則（平成一八年一二月八日政令第三七九号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、法の施行の日（平成十八年十二月二十日）から施行する。
附 則（平成一九年一二月一四日政令第三六九号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、平成二十年一月四日から施行する。
（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令の一部改正に伴う経過措置）
第三十四条証券市場整備法附則第三条の規定によりなお効力を有することとされる旧社債等登録法の規定が準用される鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券に係る機構債券原簿については、第四十四条の規定による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令第二十五条第二項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
附 則（平成二〇年二月二九日政令第四〇号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、特別会計に関する法律の一部の施行の日（平成二十年四月一日）から施行する。
附 則（平成二〇年七月四日政令第二一九号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、株式等の取引に係る決済の合理化を図るための社債等の振替に関する法律等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日から施行する。
附 則（平成二〇年一〇月三一日政令第三三八号）（抄）
（施行期日）
１この政令は、地域における歴史的風致の維持及び向上に関する法律の施行の日（平成二十年十一月四日）から施行する。
附 則（平成二三年七月一五日政令第二二〇号）
この政令は、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十三年八月一日）から施行する。
附 則（平成二三年一一月二八日政令第三六三号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、地域の自主性及び自立性を高めるための改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日（平成二十三年十一月三十日）から施行する。ただし、第一条、第三条、第四条、第五条（道路整備特別措置法施行令第十五条第一項及び第十八条の改正規定を除く。）、第六条、第九条、第十一条、第十二条、第十三条（都市再開発法施行令第四十九条の改正規定を除く。）、第十四条、第十五条、第十八条、第十九条（密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律施行令第五十九条の改正規定に限る。）、第二十条から第二十二条まで、第二十三条（景観法施行令第六条第一号の改正規定に限る。）、第二十五条及び第二十七条の規定並びに次条及び附則第三条の規定は、平成二十四年四月一日から施行する。
附 則（平成二五年七月三一日政令第二二九号）
この政令は、港湾法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十五年八月一日）から施行する。
附 則（平成二七年一月一五日政令第六号）
この政令は、土砂災害警戒区域等における土砂災害防止対策の推進に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年一月十八日）から施行する。
附 則（平成二七年三月一八日政令第七四号）（抄）
この政令は、平成二十七年四月一日から施行する。
附 則（平成二七年八月一二日政令第二九一号）
この政令は、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律及び独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年八月二十六日）から施行する。
附 則（平成二七年一一月二六日政令第三九二号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、行政不服審査法の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
附 則（平成二八年一一月一八日政令第三五二号）
この政令は、公布の日から施行する。
附 則（平成二八年一一月三〇日政令第三六四号）（抄）
（施行期日）
１この政令は、建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（平成二十九年四月一日）から施行する。
附 則（平成二九年六月一四日政令第一五六号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、都市緑地法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十九年六月十五日）から施行する。ただし、第一条の規定、第二条中都市公園法施行令第十条を同令第十条の二とし、同令第二章中同条の前に一条を加える改正規定並びに第五条から第十六条まで及び第十八条から第二十二条までの規定は、同法附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（平成三十年四月一日）から施行する。
附 則（平成二九年七月七日政令第一八八号）
この政令は、港湾法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十九年七月八日）から施行する。
附 則（平成三〇年一一月九日政令第三〇八号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、法の施行の日（平成三十年十一月十五日）から施行する。
（地方住宅供給公社法施行令等の一部改正に伴う経過措置）
第十四条
２経過期間における附則第五条の規定による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令第二十八条第一項第二十五号、附則第六条の規定による改正後の独立行政法人水資源機構法施行令第五十六条第一項第二十四号、附則第七条の規定による改正後の国立大学法人法施行令第二十五条第一項第四十八号、附則第八条の規定による改正後の独立行政法人国立高等専門学校機構法施行令第二条第一項第二十六号、附則第十条の規定による改正後の独立行政法人国立病院機構法施行令第十六条第一項第三十四号、附則第十一条の規定による改正後の独立行政法人都市再生機構法施行令第三十四条第一項第二十七号及び附則第十二条の規定による改正後の高度専門医療に関する研究等を行う国立研究開発法人に関する法律施行令第十六条第一項第二十五号の規定の適用については、これらの規定中「第六条ただし書、第八条第一項並びに第三十九条第三項及び第五項並びに同法第三十五条第一項（同法第三十七条第四項において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第八十四条第三項において準用する同法第八十三条第三項」とあるのは、「第三十九条第三項及び第五項」とする。
附 則（令和元年六月一九日政令第三〇号）（抄）
（施行期日）
第一条この政令は、建築基準法の一部を改正する法律の施行の日（令和元年六月二十五日）から施行する。ただし、第八条中独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令附則第三条の表の改正規定は、公布の日から施行する。
附 則（令和元年一一月七日政令第一五〇号）
この政令は、建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（令和元年十一月十六日）から施行する。
附 則（令和二年九月四日政令第二六八号）
この政令は、都市再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日（令和二年九月七日）から施行する。
附 則（令和二年一二月二三日政令第三六三号）
この政令は、令和三年一月一日から施行する。
附 則（令和三年三月三一日政令第一三五号）
この政令は、令和三年四月一日から施行する。
附 則（令和三年一〇月二九日政令第二九六号）
この政令は、特定都市河川浸水被害対策法等の一部を改正する法律の施行の日（令和三年十一月一日）から施行する。
附 則（令和四年一〇月二八日政令第三三五号）
この政令は、所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法の一部を改正する法律の施行の日（令和四年十一月一日）から施行する。
附 則（令和四年一二月二三日政令第三九三号）（抄）
（施行期日）
１この政令は、宅地造成等規制法の一部を改正する法律の施行の日（令和五年五月二十六日）から施行する。
附 則（令和五年九月一三日政令第二八〇号）（抄）
（施行期日）
１この政令は、脱炭素社会の実現に資するための建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律等の一部を改正する法律附則第一条第四号に掲げる規定の施行の日（令和六年四月一日）から施行する。
附 則（令和六年四月一九日政令第一七二号）（抄）
（施行期日）
１この政令は、脱炭素社会の実現に資するための建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（令和七年四月一日）から施行する。
附 則（令和六年一一月一日政令第三三九号）（抄）
この政令は、都市緑地法等の一部を改正する法律の施行の日（令和六年十一月八日）から施行する。